مجموعة باحثين موسوعة بيان الإسلام يدعي بعض المغرضين أن ما عليه القرآن الكريم من ترتيب الآيات داخل السور، وكذلك ترتيب السور في المصحف كان من صنع الصحابة، دون مراعاة لأية ضوابط أو حدود زمانية أو مكانية. ويتساءلون: ألا يمكننا القول بأننا نقرأ القرآن بتنظيم معكوس؟ ويرمون من وراء ذلك إلى النيل من سلامة القرآن الكريم بالطعن في ترتيب آياته وسوره.

مجموعة باحثين موسوعة بيان الإسلام يتوهم بعض المغالطين أن في وجود كلمات أعجمية وأخرى غريبة في القرآن الكريم يتنافى مع قوله عز وجل: )نزل به الروح الأمين (193) على قلبك لتكون من المنذرين (194) بلسان عربي مبين (195)( (الشعراء)

مجموعة باحثين موسوعة بيان الإسلام يدعي بعض المشككين أن القرآن الكريم قد وقع فيه شيء من التحريف بالحذف، ويستدلون على ذلك بأن عثمان حذف منه بعض السور الموجودة في مصحفي \"على\"و \"أبي\" مثل الولاية والحفد والنورين، ويتساءلون: كيف يثق المسلمون فيما بين أيديهم من القرآن بعد ذلك ويزعمون أنه مصون عن التحريف؟ ويرمون من وراء ذلك إلى التشكيك في صون الله للقرآن ووعده بحفظه.

مجموعة باحثين موسوعة بيان الإسلام يدعي بعض المتقولين أن في القرآن آيات من أقوال الصحابة، ممثلين لذلك بقول الله سبحانه وتعالى: )وما محمد إلا رسول قد خلت من قبله الرسل( (آل عمران: 144)، وقوله سبحانه وتعالى: )واتخذوا من مقام إبراهيم مصلى( (البقرة: 125). زاعمين أن الآية الأولى من قول أبي بكر بعد وفاة النبي - صلى الله عليه وسلم - وأن الآية الثانية من قول عمر - رضي الله عنه - ويتساءلون: كيف يكون للقرآن مصداقية عند المسلمين، وفيه مثل هذا التدخل والتحريف والوضع البشري؟! ويرمون من وراء ذلك إلى تشكيك المسلمين فيما بين أيديهم من الكتاب؛ بغية هز ثقتهم في تشريعاته وأحكامه وأوامره ونواهيه.

مجموعة باحثين موسوعة بيان الإسلام ثار كثير من الجدل ـ قديما وحديثا ـ حول الأحاديث النبوية التي تتعلق بالعدوى، فقيل: إن الأحاديث التي ترفض فكرة العدوى لا تتفق مع مقتضيات العلم الحديث؛ كقول النبي صلى الله عليه وسلم: «لا عَدْوَى ولا طِيَرَة »؛ حيث ثبت انتقال كثير من الأمراض عن طريق العدوى، كما يقولون: إن هذه الأحاديث تتعارض مع الأحاديث التي تثبت العدوى؛ كقوله صلى الله عليه وسلم: «فِرَّ من المجذوم كما تفرُّ من الأسد»، وقوله صلى الله عليه وسلم: «لا يُورِد مُـْمرِض على مُصِحّ»، ويتساءلون: هل الإعجاز في الأحاديث الأولى أم في الأحاديث الأخيرة؟! ويصلون إلى نتيجة مؤداها أن المفاهيم العلمية والطبية ليست من العقيدة ولا من الأوامر الإلهية الموحاة للنبي صلى الله عليه وسلم.